جاء تأسيس فرع جامعة الملك سعود بالمزاحمية أخذاً بتوجيهات ولاة الأمر ــ حفظهم الله ــ بضرورة التوسع في التعليم العالي في التخصصات التي تلبي حاجة المملكة بشكل عام والمناطق والمحافظات بشكل خاص من الكوادر العلمية المؤهلة بالمعلومات والمهارات التي يحتاجها سوق العمل في قطاعيه العام والخاص.

وقد كان لتوجيهات المسؤولين في وزارة التعليم العالي وعلى رأسهم معالي الوزير ونائبه، والمساندة والمتابعة والدعم المتواصل الذي تلقاه الكليات بالفرع من معالي مدير الجامعة الأستاذ الدكتور بدران العمر، أثر كبير في نهوضها وتأسيسها.

لقد كانت التوجيهات أن تكون البرامج المقدمة في فرع الجامعة ذات طابع متميز يقتصر على التخصصات النوعية التي تُعظم الحاجة لها وتزداد فرص توظيف خريجيها بتوفيق الله.

بدأت كلية الهندسة التطبيقية باستقبال الدفعة الأولى من طلابها في عام 1435 هـ  كأحد أول الكليات في الفرع وبدأت بتخصصين هما الهندسة الكهربائية والهندسة الميكانيكية، وتسعى الكلية بطرح نموذج تعليمي تتوازن فيه الجوانب النظرية والجوانب التقنية مع انتهاج المنهجية التطبيقية التي تأخذ في الاعتبار ممارسة الطالب لما تعلمه في سوق العمل مع الحرص على التعاون الأكاديمي مع جامعات ومنشئات صناعية ذات خبرة في المجال التكنولوجي التطبيقي داخل وخارج المملكة.